A leltáreltérés két ok miatt keletkezhet, a kétféle esetben más a számviteli elszámolás. Az, hogy a hiba melyik okból kifolyólag jött létre, csak az összes körülmény feltárása után állapítható meg.

Adminisztrációs hiba miatti leltáreltérés

Az adminisztrációs hibából eredő leltáreltérésnél a hibás tétel stornírozásával kell a javítást elvégezni. Ez előfordulhat amiatt például, hogy az analitika duplán vett be egy készletmennyiséget, mert lehet, hogy kétszer könyvelték le a beérkező számláját is. Az adminisztrációs hiba nem tekinthető igazi leltárhiánynak, nem számolható el sem bevételként, sem ráfordításként.

Valós leltáreltérés és könyvelése

A valós leltáreltérés (hiány vagy többlet) könyvelendő: a hiány egyéb ráfordítás lesz (86-os számlafőcsoport), a többlet pedig egyéb bevétel (96-os számlafőcsoport). Erről a számvitelről szóló 2000. évi C. trv. rendelkezik.

Leltárhiány a Tao trv-ben

A Tao trv. (társasági adóról és az osztalékadóról szóló 1996. évi LXXXI. trv.) a vállalkozási tevékenység érdekében el nem ismert költségnek, ráfordításnak sorolja be főszabályként a valós hiányt. Ez abban az esetben igaz, ha egyértelműen megállapítható, hogy  a hiány nem merült volna fel a megfelelő gondosság mellett és ha az adózó nem tett meg mindent a veszteség csökkentésére. Ezt természetesen az észszerű gazdálkodás követelményeinek figyelembe vételével. Az észszerű gazdálkodás kereteibe tartozik, hogy a vállalkozó mindent megtesz a hiányból eredő veszteség megtérülése érdekében. Szintén az észszerű gazdálkodásnak felel meg, ha megakadályozza, hogy megismétlődhessen a hiány felmerülése.

Az eszköz fizikai jellemzői, a tárolás körülményei és az adott tevékenység iparági sajátosságai is vizsgálat alapját képezik, amikor a kellő gondosság ténye kerül górcső alá. Foglalkozni kell tehát a romlandósággal, a tárolásra szolgáló épület biztonságával, a jellemző minőségromlással, vagy például a tárolási veszteséggel.

Ha megállapítható a munkavállaló felelőssége és megtérítteti vele a kárt a munkáltató, akkor szintén nem számolható el adóalap csökkentő tételként a leltárhiány.

Leltáreltérés és társasági adó

A leltárhiány miatt elszámolt ráfordítás összege tehát növeli az adóalapot. A leltári többletnél nem csökkenthető a növelő tétel a többlet értékével. Később ugyanis a többlet meg fog jelenni költségként vagy ráfordításként.